La Universidad de Deusto fue fundada en 1886 por la Compañía de Jesús. En su nacimiento coinciden las preocupaciones e intereses culturales tanto del País Vasco por tener una universidad propia como de la Compañía de Jesús por establecer estudios superiores en alguna parte del estado español. Se elige Bilbao, un puerto y ciudad comercial que estaba experimentando en esa época un considerable crecimiento industrial. Bilbao es el centro de un área metropolitana con más de un millón de habitantes, una ciudad tradicionalmente abierta a Europa.
Es, además, un importante centro portuario, comercial y financiero del País Vasco y del Norte de España. Desde Noviembre de 1997, se ha transformado significativamente bajo un símbolo, un edificio emblemático, el Museo Guggenheim Bilbao. La sede central de la Universidad de Deusto se sitúa al otro lado de la ría, frente al Museo Guggenheim. En 1916, la "Universidad Comercial de Deusto" recibió al primer grupo de estudiantes que serían los primeros graduados en Ciencias Económicas en España, 25 años antes de que este título fuera oficialmente reconocido.
En 1963, se formó el Instituto de Estudios Universitarios y Técnicos de Gipuzkoa en San Sebastián, a partir de la integración de tres entidades ya existentes. Este instituto, posteriormente, formaría parte de la Universidad de Deusto. La Universidad, por lo tanto, está localizada en dos campus, en las dos capitales costeras del País Vasco: Bilbao y San Sebastián.