El Sistema de Gestión de Calidad de la Facultad de Ciencias de la Salud está constituido por el conjunto de la estructura organizativa, de responsabilidad, de procesos, de procedimientos de actuación, y de recursos que se establecen para llevar a cabo la gestión de la calidad. El responsable del Sistema de Gestión de Calidad es la Decana con el apoyo de la Comisión de Calidad del Centro, de las Comisiones de Calidad de los Títulos y con el asesoramiento de la Unidad de Calidad de la Universidad de Deusto. En dichas comisiones están representados todos los grupos de interés del Centro y de las titulaciones.
El sistema se mantiene y mejora continuamente mediante la aplicación de la política de calidad y los objetivos del plan estratégico de la Facultad, la medición y análisis de la satisfacción de los grupos de interés, el análisis de los resultados de los procesos, de las auditorías y de la revisión del sistema por la Comisión de Calidad del Centro.