La Investigación en la Universidad de Deusto se desarrolla a través de la OTRI (Oficina de Transferencia de Resultados de Investigación).
La OTRI de la Universidad está compuesta por dos centros:
DEIKER gestiona la investigación competitiva (Gobierno Vasco, MEC, Europa) y priorizada que se genera en la Universidad de Deusto.
La Fundación Deusto gestiona la investigación concertada (contratos o convenios) con instituciones y empresas.
La Agencia para la Gestión y Promoción de la Investigación DEIKER inició sus actividades, como un Instituto de la Universidad, con la finalidad prioritaria de promover la investigación científica en las áreas del conocimiento propias de la Universidad de Deusto. Desde entonces pertenece a la red OTRI de las universidades españolas. Depende del Vicerrectorado de Investigación de la Universidad de Deusto.