Ikastetxe nagusiek tradizio luzea dute. XIV, XV eta XVI. mendeak dira egoitza hauen garai klasikoa. Espainian eta Ameriketan sortutako unibertsitaterik gehienak aurretiaz Ikastetxe Nagusi izan omen ziren. Hainbat mendetan gainbehera joan ondoren, 1943ko Unibertsitatearen Antolamendurako Legeak berriz ezarri zituen Deustuko Unibertsitatearen jatorri den Goi Ikastegia 1886an sortu zen barnetegi moduan eta 1961ean Deustu Ikastetxe Nagusi bilakatu zen.
Deustu Unibertsitate gisara ofizialtasunez onartua izan eta zabaltzen hastean, toki beharrean egon zen unibertsitateko jarduna aurrera eramateko. Hori dela-eta, Deustuko Ikastetxe Nagusia 1967an hasi zen Artxanda mendiaren magaleko egoitza berrira aldatzen. Eraiki zenetik hogeita hamahiru urte beteta, gelak berritu egin zituzten, komun osoa, Interneterako eta posta elektronikoa jasotzeko konexioa, telefonoa eta hari musikala, eta altzari berri eta funtzionalak jarri zirelarik. Antzinako barnetegitik eta Ikastetxe Nagusitik hainbat pertsona ospetsu pasatu dira, letren, zuzenbidearen, ekonomiaren eta politikaren arloetakoak, baina dene artean nabarmenena Anaia Frantzisko Garate izan zen, berrogei urtetan Unibertsitateko atezain izan eta gero aldareetara iritsi den dohatsua.
